ハードなストーリーと硬派なアクション。ということでいまや多くのファンのいるエックスシリーズの第１作。スーパーファミコンのデビューと同時期に発売された。「ロックマン」の１００年後の世界で人間にとても近いロボット「レプリロイド」と人間の共存を描いている。個性的なキャラや様々なロボットが登場する。ロックマンシリーズの特徴を継承している点も多く。ボスを倒すとそのボスの武器、「特殊武器」を手に入れられる点やその武器が他のボスの弱点で、そのボスの武器がまた他のボスの弱点武器・・・・というすべてのボスに（例外もある）弱点武器がある点も同じである。
西暦２１XX年。ケイン博士はライト博士研究所跡でレプリロイド「エックス」を発見する。博士はそのエックスの設計思想を元に研究し、考えるロボット「レプリロイド」を開発する。レプリロイドは高性能だったため工場など様々な場所で瞬く間に普及する。しかし、レプリロイドが電子頭脳に異常をきたし人間に危害を加えるようになる「イレギュラー」事件が頻繁に発生するようになる。ケイン博士はコレを重要視し、レプリロイドでイレギュラーを鎮圧する組織「イレギュラーハンター」を組織する。しばらくは正常に機能していたが、ある日、第１７部隊隊長の特A級ハンター「シグマ」が人間を不要と考え、人間に対し反乱を起こす。何体もの特A級ハンターを連れて行ってしまった。シグマはケイン博士が開発したレプリロイドで、最高の能力を持っていたため、そのようなことが可能だった。それに反対し立ち向かったハンターたちも次々と倒されてしまった。エックスとゼロに未来は託された。
８大ボス-８つのステージのボス。倒すと特殊武器が手に入る。
アイシー ペンギーゴ
スパーク マンドリラー
アーマー アルマージ
ランチャー オクトパルド
ブーメル クワンガー
スティング カメリーオ
ストーム イーグリード
バーニン ナウマンダー
シグマステージボス-最終ステージに登場するボス。特殊武器は手に入らない。
VAVA
ボスパイダー
ランダ・バンダ
D-REX
ベルガーダー
シグマ